Najdawniejszym i pierwszym źródłem do żywotu św. Stanisława są roczniki, czyli notatki według kolejności lat o najdawniejszych wydarzeniach, które za czasów arcybiskupa Arona (+ 1059) zostały przywiezione do Krakowa i które dalej uzupełniano, oraz Katalog biskupów krakowskich. W obu tych dokumentach znajdują się daty rządów św. Stanisława i wiadomość o translacji (przeniesieniu) jego ciała. O św. Stanisławie pisze pierwszy historyk polski, Anonim, zwany potocznie Gallem (ok. 1112), i - obszernie - bł. Wincenty Kadłubek (+ 1223), który jako biskup krakowski mógł mieć szersze informacje o swoim poprzedniku. Pierwszy, właściwy żywot św. Stanisława napisał dominikanin, Wincenty z Kielc, ok. 1240 roku. Żywot ten posłużył jako podstawa do kanonizacji męczennika.

Stanisław urodził się w Szczepanowie prawdopodobnie około 1030 r. Podawane imiona rodziców: Wielisław i Małgorzata lub Bogna nie są pewne. Stanisław miał pochodzić z rodu Turzynów, mieszkających we wsi Raba i Szczepanów koło Bochni w ziemi krakowskiej. Wioska Szczepanów miała być własnością jego rodziny. Swoje pierwsze studia Stanisław odbył zapewne w domu rodzinnym, potem być może w Tyńcu w klasztorze benedyktyńskim. Nie jest wykluczone, że dalsze studia odbywał zgodnie z ówczesnym zwyczajem za granicą. Wskazuje się najczęściej na słynną wówczas szkołę katedralną w Leodium (Liege w Belgii) lub Paryż. Święcenia kapłańskie otrzymał ok. roku 1060.
Biskup krakowski, Lambert Suła, mianował Stanisława kanonikiem katedry. Na zlecenie biskupa Stanisław założył, jak się przypuszcza, Rocznik krakowski, czyli rodzaj kroniki katedralnej, w której notował ważniejsze wydarzenia z życia diecezji. Po śmierci Lamberta (1070) Stanisław został wybrany jego następcą. Wybór ten zatwierdził papież Aleksander II. Konsekracja odbyła się jednak dopiero w roku 1072. Dwa lata przerwy wskazywałyby, że mogło chodzić w tym wypadku o jakieś przetargi, których okoliczności bliżej nie znamy.
O samej działalności duszpasterskiej Stanisława wiemy niewiele. Dał się poznać jako pasterz gorliwy, ale i bezkompromisowy. Pewnym jest, że w swojej rodzinnej wiosce wystawił drewniany kościół pod wezwaniem św. Marii Magdaleny, który dotrwał do XVIII wieku. Dla biskupstwa nabył wieś Piotrawin na prawym brzegu Wisły. Jest bardzo prawdopodobne, że wygrał przed sądem książęcym spór o tę wieś ze spadkobiercami jej zmarłego właściciela. Opowieść o wskrzeszeniu Piotra jest legendą.