Kiedy w roku 70 Jerozolima została zdobyta i zburzona przez Rzymian, rozpoczęły się wielkie prześladowania religii Chrystusa, trwające prawie 300 lat. Dopiero po ustaniu tych prześladowań matka cesarza rzymskiego Konstantyna, św. Helena, kazała szukać Krzyża, na którym umarł Pan Jezus.
Po długich poszukiwaniach Krzyż odnaleziono. Co do daty tego wydarzenia historycy nie są zgodni; najczęściej podaje się rok 320, 326 lub 330, natomiast jako dzień wszystkie źródła podają 13 albo 14 września. W związku z tym wydarzeniem zbudowano w Jerozolimie na Golgocie dwie bazyliki: Męczenników (Martyrium) i Zmartwychwstania (Anastasis).

Jan urodził się ok. 349 r. (jak uważają katolicy) lub ok. 347 r. (jak podają prawosławni) w Antiochii, ówczesnej metropolii prowincji syryjskiej, jednym z największych miast świata. Pochodził z możnej rodziny. Jego ojciec był oficerem cesarskim. Wcześnie osierocił syna. Wszechstronne wykształcenie zapewniła Janowi matka. U jej boku wiódł życie na pół mnisze. Rozczytywał się w klasykach i uczył się ich na pamięć. Lubił jednak także rozrywkę i nie gardził młodzieńczymi figlami.
Chrzest przyjął dopiero, gdy miał 20 lat. To był punkt zwrotny w jego dotychczasowym życiu. Wstąpił do stanu duchownego. Jako lektor uczestniczył w służbie liturgicznej u boku biskupa Antiochii, Melecjusza.