Piotr Kanizjusz urodził się 8 maja 1521 r. w Nijmegen (Holandia) jako syn Jakuba Kanijs, który pełnił w tym mieście urząd burmistrza. Młody Piotr już w dzieciństwie zdradzał oznaki swojego powołania, gdyż lubił służyć podczas nabożeństw liturgicznych i "odprawiać msze" - jak mawiał. Ojciec chciał skierować go na studia prawnicze, ale Piotr udał się do Kolonii na wydział teologii. Tutaj spędził 10 lat (1536-1546) z wyjątkiem jednego roku, kiedy to zatrzymał się na uniwersytecie w Lowanium (1539-1540). Już w czasie studiów nastawiał się Kanizy na apologetykę. Dlatego też ze szczególną pilnością studiował prawdy atakowane przez protestantów. W roku 1540 zdobył tytuł magistra nauk wyzwolonych.
W 1543 r. wstąpił do jezuitów, których św. Ignacy Loyola założył zaledwie przed 9 laty, w 1534 r. Piotr szybko zaczął cieszyć się tak wielkim autorytetem, że nie będąc jeszcze kapłanem, trzykrotnie został wysłany do cesarza Karola V, wówczas władcy Hiszpanii, Niemiec i Niderlandów (Holandii i Belgii), aby ten usunął arcybiskupa Kolonii, elektora Hermana, jawnie sprzyjającego protestantyzmowi. W roku 1546 Piotr przyjął święcenia kapłańskie. Jako znakomity teolog został wezwany przez biskupa Augsburga, kardynała Ottona Truchsess, by mu towarzyszył na soborze w Trydencie w charakterze teologa-konsultora (1547). Na uniwersytecie w Bolonii uzyskał tytuł doktora teologii. Skierowano go do krajów germańskich, aby powstrzymał napór protestantyzmu.